Данное направление связано с исследованием объектов растительного происхождения. В рамках ботанической экспертизы может устанавливаться видовая принадлежность растений, их происхождение, возраст, а также наличие следов внешнего воздействия. Такие исследования имеют значение при расследовании дел, связанных с незаконной вырубкой леса, оборотом наркотикосодержащих растений, браконьерством, а также при разрешении споров о принадлежности земельных участков. В числе исследуемых объектов могут выступать древесина, листья, пыльца, семена, плоды и иные материалы растительного происхождения.